Območje Boča daje zavetje in življenjski prostor mnogim živalskim vrstam. Med večjimi izstopajo divji prašiči, srnjad in neavtohtoni mufloni, ki so iz naravnega habitata že izrinili gamsa, obenem pa zaradi prevelike številčnosti ogrožajo trajnost gozdnega ekosistema.

Na območju pogorja je bilo najdenih kar 65 vrst hroščev, kar priča o izjemni pestrosti favne hroščev na tem koščku Slovenije. Ob tem je treba omeniti, da na Boču živi 5 vrst, ki so pomembne v evropskem merilu in so kvalifikacijske vrste za ekološko omrežje NATURA 2000.

Najmarkantnejši hrošči na Boču so močvirski krešič, ki je vezan na specifične življenjske prostore ob naravno ohranjenih vodotokih, hrošč brazdar, ki je izjemno redek, našli so ga le še na eni lokaciji v Sloveniji, rogač, ki poseljuje predvsem toploljubne gozdove z večjim deležem hrasta gradna, slikoviti alpski kozliček, prebivalec bukovih gozdov, in bukov kozliček, ki ljubi mešane gozdove jelke in bukve.

Na Boču živijo tudi zelo zanimivi metulji. Na različnih lokacijah so našli kar 82 vrst. Z naravovarstvenega vidika so najpomembnejši črni apolon, veliki mravljiščar, skopolijev zlatook, Rebelov mravljiščar in črtasti medvedek. Njihov glavni življenjski prostor so travniki, presvetljeni gozdovi in gozdni robovi. Tudi pri metuljih velja, da so naštete vrste znanilci visoke naravovarstvene vrednosti Bočkega pogorja.